จุดเริ่มต้นของภัตตาคารเอ็มเค เป็นร้านอาหารไทยคูหาเดียว ตั้งอยู่ภายในศูนย์การค้าสยามสแควร์ ดำเนินกิจการโดย ทองคำ เมฆโต ซึ่งซื้อกิจการมาจาก มาคอง คิงยี (Markon Kingyee - MK) ชาวฮ่องกง เมื่อปี พ.ศ. 2505[3]มีอาหารขึ้นชื่ออย่าง ข้าวมันไก่ ผัดไทย ผัดขี้เมา เนื้อตุ๋น ปลาช่อนแป๊ะซะ เนื้อย่างด้วยเตาถ่านแบบเกาหลี และต่อมาขยายเป็นสองคูหา จนกระทั่งปี พ.ศ. 2527 สัมฤทธิ์ จิราธิวัฒน์ อดีตประธานกรรมการบริษัท สรรพสินค้าเซ็นทรัล จำกัด ชักชวนให้ทองคำเปิดร้านอาหารไทย ภายในศูนย์การค้าเซ็นทรัลพลาซา ลาดพร้าว ด้วยชื่อร้านใหม่ว่า กรีน เอ็มเค [4]

ต่อมาเมื่อปี พ.ศ. 2529 ร้านกรีนเอ็มเคก็เปลี่ยนมาเป็น ร้านสุกี้เอ็มเคสาขาแรก ซึ่งในช่วงเดียวกันนี้ บุตรชาย-บุตรสาวและบุตรเขยของทองคำ ก็เข้าช่วยนำการตลาดสมัยใหม่มาดำเนินกิจการ พร้อมทั้งขยายสาขาเพิ่มขึ้นอย่างต่อเนื่อง ต่อมาเมื่อปี พ.ศ. 2539 เอ็มเคฯ เริ่มทยอยเปลี่ยนหม้อต้มสุกียากี้ จากระบบแก๊สหุงต้มมาเป็นการใช้ไฟฟ้า เพื่อความปลอดภัยยิ่งขึ้นของลูกค้าและพนักงาน พร้อมทั้งปรับปรุงรูปแบบการตกแต่งร้านและผลิตภัณฑ์ภายในร้านขึ้นใหม่[4]

ภัตตาคารเอ็มเคฯ ยังเปิดให้บริการร้านสุกียากี้คุณภาพสูง ในชื่อเอ็มเคโกลด์ เมื่อ พ.ศ. 2543 และร้านสุกี้ยากี้เพื่อสุขภาพ ในชื่อเอ็มเคไลฟ์ เมื่อเดือนมีนาคม พ.ศ. 2560